다시 생각해보면 TeX community에 뭘 통일해달라기 보다, 쓰는 사람이 알아서 잘 쓰면 그만이라는 생각입니다. 그냥 R Sweave 명령에 encoding argument를 하나 더 집어넣으면 문제 없을 것 같다는 생각입니다. 괜히 R 편하자고 TeX을 바꾸자는 것은 웃기는 얘기인 것 같고요. 하여간 많이 배웠습니다.

R Sweave에 encoding 옵션 있는 걸 늦게 발견했습니다.