C:\Documents and Settings\사용자이름\TeXWorks의 폴더가 있는 채로 재설치하면 그럴겁니다. 

재설치하실 때 C:\usr\texlive 폴더뿐만 아니라 위 경로의 폴더도 깨끗하게 지운 다음 재설치해보세요. 

그런데... 그러기엔 설치/재설치에 드는 시간이 너무 아깝지 않나요? 

다른 컴에서 해당 폴더만 복사하여 동일한 경로에 가져다 붙여보세요. 템플릿 파일은 아까 TeXWorks 폴더 밑에 있습니다. 

C:\Documents and Settings\사용자이름\TeXWorks\templates