Calibre의 ebook-viewer 앱을 이용하면 epub에서 MathJax가 동작한다는 것을 확인했습니다.

(MathJax)

동일한 소스로부터 MathJax를 이용하지 않고 SVG 그림을 만들도록 한 다음 epub 변환한 것은 다음과 같습니다.

(SVG)

첨부 압축 파일에 두 개의 epub 예제가 있습니다. 하나는 MathJax로 수식을 디스플레이하는 것이고 다른 하나는 SVG를 이용한 것인데요, MathJax쪽은 Calibre ebook-viewer로 보아야 제대로 보입니다.

둘 다 sample.tex에서 lwarp으로 HTML을 얻고 (아래 yihoze님의 transtex.py를 이용하지는 못했고요... ;) 이것을 Calibre에 보내어 epub 변환한 것입니다. MathJax를 위해서는 tex 소스에도 추가 옵션을 주어야 하고 만들어진 HTML도 두어 줄 수정을 가해야 했습니다만 그냥 한 줄 적어넣고 불필요한 것을 삭제하는 것이 전부라서 편집 부담은 전혀 없었다고 할 수 있습니다.